주인공은 마이클(아역 핀 리틀, 노인역 제프리 러시)이다. 회사 창업주인 그는 경영 일선에서 물러난 상태다. 회사를 물려받은 사위는 채굴 사업을 추진 중이다. 환경 운동가들이 반대 시위를 벌이지만 프로젝트를 가로막을 정도는 아니다. 마이클이 속한 이사회 승인만 얻으면 채굴 사업이 본격적으로 진행될 예정이다. 그런데 환경 운동가들의 반대 시위 모습 속에 그는 언뜻언뜻 원주민 핑거본 빌(트레버 제이미슨 분)과 펠리컨의 환영을 본다. 이들은 어린 시절 마이클과 인연을 맺었던 사람과 새다. 핑거본 빌은 폭풍 속에서 걸어 나온 그에게 만타우 야우리(폭풍을 부르는 소년)라는 별명을 지어 주었다. 두 사람은 그렇게 친구가 된다.
소년 마이클의 또 다른 친구는 펠리컨이다. 그는 사냥꾼의 총에 희생된 어미를 대신해 새끼 펠리컨 세 마리를 정성스레 보살폈다. 그중에서 특히 퍼시벌이라고 이름 붙인 펠리컨과 끈끈한 유대를 형성한다. 깃털도 나지 않은 작은 새가 소년만 한 몸집으로 성장하는 과정을 보는 재미가 그 자체로 쏠쏠하다. 게다가 얼마나 똑똑하고 사려 깊은지. 퍼시벌은 바다에 표류한 마이클의 아버지를 구하고, 사냥꾼으로부터 동료를 지키려고 애쓴다. 이처럼 부리 아래 목주머니가 있는 독특한 생김새로만 펠리컨을 알던 관객에게 이 영화는 기분 좋은 충격을 안긴다. 노인 마이클도 마찬가지다. 과거를 떠올리면서 그는 채굴 사업의 부작용을 곰곰 생각한다.
동시에 ‘스톰 보이’는 가족의 의미를 질문한다. 더 정확하게는 갈등의 골이 깊어진 부모와 자식 간 소통을 문제 삼는다. 해야 하는 것과 옳지 않은 것 사이의 고민, 돌이킬 수 없는 것과 돌이킬 수 있을지도 모르는 것 사이의 번민도 더해진다. 그래서 이 영화를 자연주의 영화라고만 규정하기는 어렵다. 펠리컨으로 대표되는 자연을 소중히 여겨야 한다는 메시지야 물론 전한다. 한데 여기에 그치지 않는다. 폭넓은 관계의 영역으로 확장시킨다. 덕분에 우리는 이해관계에 기반을 둔 적대보다는, 상호관계에 기반을 둔 환대를 천천히 돌아보게 된다. 살다 보니 자꾸 잊는 삶의 진리와 중요한 가치도 거기에 있다.